Ž. Šančiuose 1920 m. įsikūrusi 2-oji progimnazija (buvusi vidurinė mokykla) netalpino visų norinčių mokytis. Šančių, Panemunės gyventojams labai reikėjo gimnazijos. 1925 m. skirstant Fanstilio šlaitus A.Šančiuose, mokyklos direktoriui J. Eidukui pavyko išrūpinti naujiems mokyklos rūmams 2 ha sklypą. Sklypas gražioje buvusio ąžuolyno vietoje, nuo jo atsiveria miesto panorama. Tuo metu čia augo 57 ąžuolai, dalis jų iki šiol puošia progimnazijos kiemą. Tačiau pinigų rūmų statyboms teko laukti net iki 1937 m.! 1938 metais ant vienos iš aukščiausių Šančių kalvų duris atvėrė nauja, erdvi, moderni Kauno 6-oji valstybinė gimnazija. Jos projektą parengė garsus architektas Stasys Kudokas. Pamatus gimnazijai pašventino vyskupas, jos atidaryti atvažiavo pats Lietuvos Respublikos prezidentas Antanas Smetona. Gimnazijos statyba ir įrengimas kainavo 1 milijoną litų. Pagrindinis pastato pietų fasadas yra atsuktas į Servitutų gatvę. Iš gatvės į pastatą veda platūs aukštoki laiptai, o pagrindinį įėjimą puošia natūralaus akmens tinku dekoruotos kolonos ir originali St. Kudokui būdinga puošmena – tulpė; rytiniame fasade – apvalių langų vertikali serija, vakarinėje rūmų pusėje išsiskiria puscilindrio formos laiptinė su dinamišku kvadratinių langų juostomis. Šiaurinėje pusėje įrengtos sporto aikštelės. Trys triaukščiai gimnazijos rūmų korpusai supa pusiau uždarą kiemą. Vakariniame korpuse įrengtos dvi salės: per du aukštus einanti sporto salė bei 3 a. esanti aktų salė. Kituose korpusuose įrengtos mokymo erdvės. Gimnazijoje mokytis pradėjo virš 600 gimnazistų - Šančių, Panemunės ir Kauno priemiesčių vaikai. Buvo 16 klasių, dirbo 30 mokytojų. Gimnazija garsėjo aukštu mokymo lygiu bei pavyzdinga tvarka. Iš mokytojo Juozo Taručio prisiminimų apie direktorių Stanislovą Kairiūkštį: „Jo rūpesčiu mokykla ir buvo gerai įrengta. Jis buvo Švietimo ministerijos inspektorius, mokėjo prieiti, kur reikia, ir išsireikalauti kreditų, kad gimnazijos kabinetai būtų įrengti pavyzdingai, mokyklos baldai (suolai, stalai, kėdės, spintos ir spec. baldai) būtų patogūs ir skoningi. Skonio netrūko įrengiant ir direktoriaus kabinetą. Kairiūkštis taip įrengė mokyklą, kad Kauno 6-oji gimnazija buvo reprezentacinė Kauno gimnazija. Jis stengėsi ir mokinius tuo paveikti, kad mylėtų savo gimnaziją.“ Stasio Kudoko projektuoti „Šančių gimnazijos rūmai“ - išskirtinis, autentiškas Kauno tarpukario modernizmo architektūros objektas. 2015 m. pastatui suteiktas Europos paveldo ženklas Mokykla kelis kartus keitė vardą – Kauno 6-oji valstybinė gimnazija, Kauno 6-toji berniukų gimnazija, Kauno 7-toji mergaičių gimnazija, Kauno 6-oji vidurinė mokykla, Kauno A. Čeponio vidurinė mokykla, vėl Kauno 6-oji vidurinė mokykla, Kauno Vaižganto vidurinė mokykla. 2010 metais pasirašoma bendradarbiavimo sutartis su Kauno technologijos universitetu. Nuo 2011 metų mokykla tampa KTU Kauno Vaižganto vidurine mokykla, o 2012 metais - KTU Vaižganto progimnazija. 1992 m. buvo pastatytas mokyklos priestatas ir mokiniams daugiau nereikėjo mokytis dviem pamainomis. 2020 metais KTU Vaižganto progimnazija pažymėjo istorinį mokyklos šimtmetį.